حصل الدكتور محمد مصطفى هدارة على جائزة التفوق الأدبي في اللغة العربية عام 1948 (المسابقة التوجيهية) وعلى جائزة الرواية التاريخية من المجلس الأعلى لرعاية الفنون والآداب عام 1960 عن رواية المنصورة. كما نال سيادته جائزة صدام للآداب في فرع تاريخ الأدب العربي عام 1988، وجائزة اليماني في نقد الشعر عام 1996.
اختارته الموسوعة الأمريكية Who’s Who في الطبعة الثالثة لها، واحدا من خمسة آلاف شخصية هامة على مستوى العالم، كما اختارته الببليوجرافية الأمريكية واحدا من أكثر الشخصيات تأثيرا على مستوى العالم.