وبقي القرآن على ما هو عليه في عهد أبي بكر إلى عهد عثمان. إلا أن القرآن كان قد نزل على النبي محمد على سبعة أحرف (أي بسبعة لهجات) ليسهل على القبائل فهمه واستيعابه.
ثم في سنة 25 هجرية، وفي خلافة عثمان بن عفان، رأى الصحابة أنه بعد الفتوحات الإسلامية ودخول غير العرب في الإسلام، بدأ أهل العراق والشام وبعض الأمصار بالاختلاف حول القراءة الصحيحة للقرآن فكان يُكفّر بعضهم بعضًا.
فقد كانت اللغة العربية تكتب بدون نقاط تميز الحروف، فمثلا حروف (ب ت ث ن) بدون النقاط لا يمكن تمييزها عن بعضها البعض وكذلك (ج ح خ) (د ذ) (ر ز) (س ش) (ص ض) (ط ظ) (ع غ) (ف ق). فقد كان العرب -بحكم أنها لغتهم- يمكنهم التفريق بينها من سياق الكلام، في حين أن غير العرب الذين دخلوا الإسلام لا يمكنهم التفريق بينها كما يحسنه العرب، ومن هنا جاء الاختلاف. كذلك لم يكن هناك علامات للتشكيل لتمييز المرفوع عن المنصوب أو المجرور.
فقام عثمان بتشكيل لجنة من كَتَبَة الوحي أيام رسول الله محمد لنسخ القرآن من تلك النسخة التي تم جمعها في عهد الخليفة أبى بكر والتي كانت موجودة في بيت السيدة حفصة (زوجة النبى محمد وبنت الخليفة عمر بن الخطاب) وأمرهم بعمل نسخ مدققة على أساس القراءة الثابتة والمتواترة عن الرسول وهي قراءة أهل مكة.
عن أنس بن مالك: أن حُذيفة بن اليمان قَدِم عَلى عثمان، وكان يغازي أهل الشام في فتح أرمينية وأذربيجان مع أهل العراق فأفزع حذيفة اختلافهم في القراءة، فقال لعثمان: أدرك الأمة قبل أن يختلفوا اختلاف اليهود والنصارى. فأرسل إلى حفصة: أن أرسلي إلينا الصحف ننسخها في المصاحف، ثم نردها إليك، فأرسلت بها حفصة إلى عثمان، فأمر زيد بن ثابت، وعبد الله بن الزبير، وسعيد بن العاص، وعبد الرحمن بن الحارث بن هشام، فنسخوها في المصاحف. وقال عثمان للرهط القرشيين الثلاثة: إذا اختلفتم أنتم وزيد بن ثابت في شيء من القرآن، فاكتبوه بلسان قريش، فإنه إنما نزل بلسانهم، ففعلوا، حتى إذا نسخوا الصحف في المصاحف رد عثمان الصحف إلى حفصة، وأرسل إلى كل أفق بمصحف مما نسخوا، وأمر بما سواه من القرآن في كل صحيفة ومصحف أن يحرق. (رواه البخاري).
وسمِّي هذا المصحف بمصحف عثمان أو المصحف الإمام، ولم يبق سوى هذا المصحف منذ عهده. وهي النسخة التي تطبع حاليا بالرسم العثماني في كل أنحاء العالم الإسلامي.