عمل في الجامعة الإسلامية منذ عام 1397 هـ، فدرس التوحيد والفقه في كلية الشريعة، كما درَّس في كلية الحديث وكلية الدعوة وأصول الدين، ودرس المذاهب بقسم الدراسات العليا، وقام بتدريس القراءات بكلية القرآن الكريم ـ قسم القراءات. ويعد الشيخ علي الحذيفي أحد القراءالمتميزين في السعودية والعالم الإسلامي، وله تسجيلات إذاعية في عدد من الإذاعات داخل المملكة وخارجها، وقد أجيز في القراءات من عدد من كبار القراء وهم:
الشيخ أحمد عبد العزيز الزيات ـ إجازة في القراءات العشر.
الشيخ عامر السيد عثمان ـ إجازة برواية حفص وقرأ عليه بالسبع ولم يكمل سورة البقرة بسبب وفاة الشيخ عامر.
الشيخ عبد الفتاح القاضي ـ قرأ عليه ختمة برواية حفص.
إجازة في الحديث من الشيخ حماد الأنصاري.