حفظ القران وعمره 12 سنة ودرس القرآن على الشيخ عبد العزيز بن باز في المدرسة الابتدائية عندما كان في مكة المكرمة وكذلك على الشيخ خليل قارئ وكلا الشيخين تميزا بالقراءة الحجازية إلا أنه أخذ عن الأخير التلاوات تلقينا فكان يرافق الشيخ أينما رحل فقد ذهب الشيخ خليل إلى الطائف ورحل معه الشيخ محمد أيوب إلى هناك. كان والد الشيخ محمد أيوب قد أوصى الشيخ خليل قارئ أن يهتم به كثيرا آملا أن يكون له شأن عظيم فكان كما أراد، من جانبه فقد اكتشف خليل قارئ بفراسته أن للشيخ مستقبلا عظيما في تلاوة القرآن الكريم وحفظه ويروي ابن الشيخ خليل قارئ الشيخ محمد خليل إمام مسجد قباء أن والده كان حريصا على طلابه ولا يفرض عليهم الحفظ كاملا بل كل على حسب إمكانياته وقدراته بل الأهم عنده تثبيت الحفظ. يكفي الشيخ فخرا ً انه صلى بالناس في أول مسجد أسس على التقوى ويكفيه اعتزازا انه أم المصلين في مسجد النبي صلى الله عليه وسلم.. لقد وزعت المآذن العشر صوته الجميل في أنحاء المدينة المنورة واشرأبت القبة الخضراء لمعانقته وهو يتردد في جنبات مدينة رسولنا الكريم صلى الله عليه وسلم.. فكيف لا يكون ذلك فهو من الرعيل الأول من صلى التراويح لوحده طوال شهر رمضان دون أن يشاركه أحد في ذلك حيث كان ذلك محراب رسول الله صلى الله عليه وسلم وهو ما يدل على ثبات حفظه وروعة أدائه فما زالت تذكره ليالي رمضان بروحانيتها العطرة