هناك عدة روايات عن وفاته ان وفاته كانت في 623 هجري في حلب وهي على الارجح حيث كان قد استقر في حلب وسافر في البلدان وعاد مرة ثانية إلى حلب وتوفى هناك وروايات انه توفى في مدينته حماة التي كان يعرج إليها بين الحين والاخر في سنواته الأخيرة ومنها المؤرخ وليد الأعظمي في كتابهِ أعيان الزمان وجيران النعمان : ((كان أبو الدر ياقوت الحموي وسكن في دار بدرب دينار الصغير، ووجد ميتاً في منزلهِ يوم الأربعاء 12 جمادى الأولى عام 622هـ/1225م، وكان قد توفي قبل ذلك بأيام، ولم يشعر بهِ أحد، ثم دفن في مقبرة الخيزران وقيل في روايات أخرى غير ذلك مع اختلاف مكان الوفاه وسنة الوفاة.
ورد في كتاب النجوم الزاهرة في ملوك مصر والقاهرة: «ياقوت بن عبد الله الحموي الرومي شهاب الدين أبو الدر: كان من خدام بعض التجار ببغداد يعرف بعسكر الحموي وياقوت هذا هو صاحب التصانيف والخط أيضاً ووفاته سنة ست وعشرين وستمائة.»[2]
وقال المؤرخ ابن كثير في كتابهِ البداية والنهاية في التاريخ: ((توفي في رجب سنة 623هـ في حلب)