بقي ابن النفيس حتى وفاته في القاهرة، وعندما بلغ الثمانين من العمر مرض ستة أيام مرضاً شديداً وحاول الأطباء أن يعالجوه بالخمر وهو يقاسى عذاب المرض قائلاً:
” لا ألقى الله تعالى وفى جوفى شيء من الخمر. “
ولم يطل به المرض فقد توفى في فجر يوم الجمعة الموافق(21 ذى القعده 687 هـ/ 17 ديسمبر 1288م