شهدت المنوفية أثناء الحملة الفرنسية على مصر عدة معارك دارت بين الفرنسيِّين والأهالي، وساعدت على تعطيل زحف الجيش الفرنسي بتهديد طريق مواصلاتها إلى القاهرة، ومن أهمها معركة غمرين في أغسطس 1798 م مما اضطر «نابليون بونابارت» إلى عمل أسطول مسلَّح بالمدافع على النيل للحراسة، وإقامة عدة حصون. ورغم ذلك؛ هاجم الأهالي الجنرال «دومارتان» قائد المدفعية، فقتلوه هو وأربعة عشر من جنوده سنة 1799 م.
وبعد تولي محمد علي باشا زمام السلطة في مصر، نقل عاصمة مديرية المنوفية من منوف إلى قرية شبين الكوم عام 1826 م لتوسط موقعها بين أنحاء المديرية وجعلها مدينة.[27] ثم أصدر قراراً بتقسيم المديرية إلى خمس مراكز هي:
مركز شبين الكوم.
مركز منوف
مركز أشمون
مركز قويسنا
مركز تلا
وقد ألغيت مديرية المنوفية عام 1855 في عهد سعيد باشا والي مصر حتى عام 1863 وضمت لمديرية الغربية. وألغاها الخديوي توفيق مرة أخرى عام 1886، ثم استقلت مرة ثانية عن الغربية في العام التالي 1887 م
وفى أيام الاحتلال البريطاني لمصر، اشتهرت حادثة دنشواي التي وقعت بأرض قرية دنشواي، ذلك أن بعض الضباط الإنجليز راحوا يطلقون النار لاصطياد الحمام، فأصابوا سيدة على سطح منزل، وأشعلوا النار في جرن حمام، فثار عليهم الأهالي، وهرب الضباط خوفاً منهم، فأصيب أحدهم بضربة شمس؛ ومات. فعقدت سلطة الاحتلال محاكمة صورية، أصدرت فيها حكماً بالإعدام شنقاً على أربعة من الأهالي، وقضت بالسجن والجلد على عشرين آخرين. وقد اتخذها «مصطفى كامل» دليلاً ضد بريطانيا في المحافل الدولية على ما تقوم به من ممارسات شنيعة ضد الأهالي دون وجه حقّ، حتى تمّ الإفراج عن مسجوني دنشواي عام 1908، ولذلك تحتفل محافظة المنوفية بعيدها القومي يوم 13 يونيو من كل عام تخليداً لشجاعة أهل دنشواي