من أهم مؤلفات ابن النفيس

لابن النفيس العديد من المؤلفات في الطب، أهمها:

الشامل في الصناعة الطبية أضخم موسوعة طبية كتبها شخص واحد في التاريخ الإنساني، وقد وضع مسودتها بحيث تقع في ثلاثمائة مجلد بيّض منها ثمانين. وتمثل هذه الموسوعة الصياغة النهائية والمكتملة للطب والصيدلة في الحضارة العربية الإسلامية في العصور الوسطى.
شرح تشريح القانون: جمع فيه أجزاء التشريح المتفرقة في كتاب القانون لابن سينا وشرحها، وفيه وصف الدورة الدموية الصغرى وهو الذي بيّن أن ابن النفيس قد سبق علماء الطب إلى معرفة هذا الموضوع من الفيزيولوجيا.
شرح فصول أبقراط: موجود في مكتبات برلين وجوتا وإلسفورد وباريس ومكتبة الإسكوريال، وتوجد نسخة في آيا صوفيا بتاريخ 678هـ، وقد طبع في إيران سنة 1298هـ.[29]
المهذب في الكحل: مكتبة الفاتيكان،[29] وهو كتاب موسوعي في الطب يشبه كتاب (الحاوي) لأبي بكر الرازي.
كتاب موجز القانون أوالموجز في الطب: تناول كل أجزاء القانون فيما عدا التشريح ووظائف الأعضاء.[29]
المختار في الأغذية: لم يذكر في أي ترجمة من تراجمه، ولكنه موجود في مكتبة برلين.[29]
شرح تشريح جالنيوس: (آيا صوفيا) إلا أن نسبته لابن النفيس ليست أكيدة[29]

إضافة إلى العديد من المؤلفات الطبية الأخرى مثل "بغية الطالبين وحجة المتطببين" و"بغية الفطن من علم البدن" و"الرماد" و"شرح كتاب الأوبئة لأبقراط"a[29] و"شرح مسائل حنين بن اسحاق" و"شرح مفردات القانون" و"تفسير العلل وأسباب الأمراض"[30] و"شرح الهداية في الطب".

كما أن له مؤلفات في اللغة والدين والفلسفة والمنطق مثل "طريق الفصاحة" (نحو) و"شرح كتاب التنبيه" لأبي اسحق إبراهيم الشيرازي (فقه شافعي) و"شرح الإشارات" لابن سينا (المنطق) و"الرسالة الكاملية" (سيرة نبوية) و"مختصر في علم أصول الحديث" (حديث) و"شرح كتاب الشفاء لابن سينا" وهو كتاب شمل المنطق والطبيعة والفلك والحساب والعلوم الإلهية[31] و"شرح الهداية لابن سينا" (المنطق) و"فاضل بن ناطق" وهو كتاب صغير عارض فيه رسالة حي بن يقظان (علم الكلام)