تحدث ابن ماجد عن أنه ينتسب إلى القبائل العدنانية من تهامة ونجد والحجاز.
واختلف المؤرخون في "نسبه الأرضي" أو الجغرافي إذ نسب إلى مدينة جلفار التابعة لمملكة هرمز ذلك الزمان (إمارة رأس الخيمة الحالية) كما أرجع بعضهم انه تميمي من ثادق في نجد مع أن ابن ماجد نفسه لم يقل أنه تميمي. كما قيل أنه ظفاري من سلطنة عمان أو أنه نجدي من اليمن..
كان أبوه وجده ملاحين مشهورين، ويقول عن جده: «عليه الرحمة كان نادرة في ذلك البـحر (المحيط الهندي)، وإستفاد منه والدي، وأسهما في معرفة القياسات، وأسماء الأماكن، وصفات البحر والبحار