تأثير المؤسس في علم وراثة السكان هو خسارة مزايا وراثية تحدث عندما يَنشأ جيل جديد من السكان من عدد صغير جداً من الأفراد الذين كانوا في السابق جزءاً من عدد أكبر من السكان. كان إرنست ماير هو أول من وضع المفهوم الكامل لهذا المُصطلح في عام 1952،[1] وقد استطاع عمل ذلك باستخدام أعمال نظرية أخرى قام بها علماء مثل سيوال رايت.[2] كنتيجة لخسارة التميز الجيني، فربما يَكون سكان الجيل الجديد مختلفين إلى حد كبير عن أجدادهم من كلا الناحيتين الوراثية والشكلية. ويُعتقد أن تأثير المؤسس يُؤدي في بعض الحالات الاستثنائية إلى حدوث تنوع تطوري وإلى ظهور أنواع جديدة من المخلوقات أكثر تطوراً.
في الصورة الظاهرة إلى اليسار، يَملك السكان الأصليون عددين متساويين تقريباً من الأفراد الحمر والزرق، بينما تظهر مجموعات السكان المؤسسين الثلاث الأصغر حجماً أن أحد اللونين يُمكن أن يُصبح هو السائد (تأثير المؤسس)، وذلك نتيجة للانتقاء العشوائيّ من السكان الأصليين. ربما يُسبب أيضاً عنق زجاجة سكانية حدوث تأثير مؤسسٍ حتى لو لم يُمثل سكاناً جدداً تماماً.
تأثير المؤسس هو حالة خاصة من الانحراف الوراثي. بالإضافة إلى تعرض السكان الجدد لتأثير المؤسس، فكثيراً أيضاً ما يَكونون سكاناً صغيرين جداً ويُظهرون بسبب هذا حساسية متزايدة للانحراف الوراثي وتزايداً في التوالد الداخلي وتميزاً وراثياً منخفضاً نسبياً. يُمكن ملاحظة هذا الأمر في برك المورثات المحدودة لآيسلندا وجزيرة القيامة وجزر بيتكيرن. ومن الأمثلة الأخرى أيضاً على هذه الظاهرة النسبة الهائلة للسكان الصمّ في مارثاس فاينيارد التي أدت إلى تطور لغة إشارات مارثاس فاينيارد.